Bonnet precedió en el sprint al eslovaco Peter Sagan y al español Luis León Sánchez, último vencedor de la París-Niza, tras 201 kilómetros.
Bonnet, de 27 años, firmó la primera victoria francesa en la prueba. "Es mi primera gran victoria, hacía mucho tiempo que la esperaba", declaró el vencedor del día. "Logré evitar una caída ocurrida en el último kilómetro y tomar la rueda de Sánchez, que lanzó el sprint a 400 metros de la llegada", añadió.
En esta etapa, cuatro ciclistas (De Kort, Mangel, Mouris, Finetto) protagonizaron la principal escapada del día, con la ayuda del viento favorable, desde el kilómetro 4. Fueron controlados a distancia por el pelotón, que dejó llegar a una diferencia máxima de cuatro minutos, antes de ser alcanzados a unos 20 kilómetros de la llegada.
El español Alberto Contador, doble vencedor del Tour de Francia, terminó el recorrido sin problemas en el seno del pelotón, un día después de una caída que le ocasionó un hematoma en el muslo izquierdo.
En la clasificación general, Luis León Sánchez, que se hizo con algunas bonificaciones, ascendió a la tercera plaza, a 10 segundos de Boom.
El miércoles, la tercera etapa se disputa sobre 208 kilómetros entre Saint-Junien y Aurillac.
París-Niza - Segunda etapa - Contres-Limoges (203,5km)
1. William Bonnet (FRA/BTL), los 201 km en 4h 22:40. (velocidad media: 45,914 km/h)
2. Peter Sagan (SVK/LIQ) m.t.
3. Luis León Sánchez (ESP/GCE) m.t.
4. Mirco Lorenzetto (ITA/LAM) m.t.
5. Juan José Haedo (ARG/SAX) m.t.
6. Samuel Dumoulin (FRA/COF) m.t.
7. Tom Veelers (NED/SKS) m.t.
8. Eduard Vorganov (RUS/KAT) m.t.
9. Borut Bozic (SLO/VAC) m.t.
10. Francesco Chicchi (ITA/LIQ) m.t.
11. Koldo Fernández (ESP/EUS) m.t.
12. Jérémy Galland (FRA/SAU) m.t.
13. Christophe Le Mével (FRA/FDJ) m.t.
14. Serguei Ivanov (RUS/KAT) m.t.
15. Heinrich Haussler (GER/CTT) m.t.
16. Dimitri Champion (FRA/ALM) m.t.
17. Alberto Contador (ESP/AST) m.t.
18. David Millar (GBR/GRM) m.t.
19. Leonardo Duque (COL/COF) m.t.
20. Jens Voigt (GER/SAX) m.t.
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27. Simon Gerrans (AUS/SKY) m.t.
28. Samuel Sánchez (ESP/EUS) m.t.
36. Andre Greipel (GER/THR) m.t.
37. Philippe Gilbert (BEL/OLO) m.t.
40. Alejandro Valverde (ESP/GCE) m.t.
47. Sylvain Chavanel (FRA/QST) m.t.
69. Levi Leipheimer (USA/RSH) m.t.
73. Lars Boom (NED/RAB) m.t.
76. Pierrick Fédrigo (FRA/BTL) m.t.
80. Damiano Cunego (ITA/LAM) m.t.
87. Sandy Casar (FRA/FDJ) m.t.
90. Frank Schleck (LUX/SAX) m.t.
92. Yaroslav Popovych (UKR/RSH) m.t.
95. Thomas Voeckler (FRA/BTL) m.t.
108. Óscar Pereiro (ESP/AST) m.t.
111. Cyril Gautier (FRA/BTL) m.t.
141. Christian Vande Velde (USA/GRM) 1:18.
Largaron 172 corredores y 171 clasificaron.
No largaron: Danilo Napolitano (ITA/LAM), Simone Ponzi (ITA/LAM)
Abandonó: Hayden Roulston (NZL/THR)
Clasificación general de la prueba tras el prólogo y dos etapas:
1. Lars Boom (NED/RAB) 8h 55:51.
2. Jens Voigt (GER/SAX) a 05.
3. Luis León Sánchez (ESP/GCE) 10.
4. David Millar (GBR/GRM) 13.
5. Roman Kreuziger (CZE/LIQ) 15.
6. Greg Henderson (NZL/SKY) 20.
7. Peter Sagan (SVK/LIQ) 23.
8. Levi Leipheimer (USA/RSH) 25.
9. Alberto Contador (ESP/AST) 25.
10. Xavier Tondo (ESP/CTT) 29.
11. Alejandro Valverde (ESP/GCE) 31.
12. Laurent Mangel (FRA/SAU) 31.
13. Grega Bole (SLO/LAM) 32.
14. Samuel Sánchez (ESP/EUS) 34.
15. Cyril Lemoine (FRA/SAU) 35.
16. Janez Brajkovic (SLO/RSH) 35.
17. Andriy Grivko (UKR/AST) 35.
18. Rémi Pauriol (FRA/COF) 38.
19. Geraint Thomas (GBR/SKY) 39.
20. Joaquim Rodríguez (ESP/KAT) 41.
24. Tony Martin (GER/THR) 43.
25. William Bonnet (FRA/BTL) 44.
31. Simon Gerrans (AUS/SKY) 48.
39. Sylvain Chavanel (FRA/QST) 54.
44. Sandy Casar (FRA/FDJ) 56.
52. Thomas Voeckler (FRA/BTL) 1:01.
58. Frank Schleck (LUX/SAX) 1:07.
60. Philippe Gilbert (BEL/OLO) 1:08.